“Naruto” serisi, karmaşık motivasyonlara ve derin arka plan hikayelerine sahip kötü karakterlerle doludur. Bu karakterler, sadece güç peşinde koşan basit kötülerden çok daha fazlasını temsil eder.
Dizi süresince, Pain, Jiraiya, Kakashi ve neredeyse Hinata dahil olmak üzere birçok sevilen karakterin ölümüne sebep olur, özellikle Konoha’nın istilası sırasında durdurulamaz bir güç gibi görünür. Nagato, barışçıl bir dünya yaratma iddiasında bulunsa da, bu hedefe ulaşmak için çok sayıda masum insanın ölümüne ve acı çekmesine göz yumar, bu tutumu onu oldukça çelişkili ve rahatsız edici bir kötü karakter yapar.